1997年9月，广州中医药大学与日本大阪高技术专门学校合作开办计算机科学与技术专业专业（三年制大专）；2002年升格为计算机科学与技术专业（四年制本科），我校成为全国中医药院校较早开办计算机本科专业的学校之一。

2003年4月，学校决定组建信息技术学院，将学校网络信息管理中心、基础医学院原有的"计算机科学与技术专业"、计算中心（计算机教研室）、物理教研室、计算机教学实验室、物理实验室、基础工学实验室和教务处所属的电化教学中心组建为新的信息技术学院。

2004年8月，学院整体搬迁至广州大学城广州中医药大学校区工科楼。学院的教学、实验、科研和办公环境大大改善。

2005年7月，为了更好地发挥医学信息工程学院的技术和人才优势，构建学校的信息化公共服务体系，更好地开展全校性信息化建设与管理工作，学校决定依托医学信息工程学院成立广州中医药大学信息中心。信息中心与信息技术技术学院实行一套人马两块牌子的管理模式。

2011年在中医学一级学科下设置中医药信息学硕士点。

2012年4月，经校长办公会议研究决定，"信息技术学院"更名为"医学信息工程学院"。

医学信息工程（四年制本科）专业2012年开始招生，生物医学工程专业（四年制本科）2016年开始招生。

2015年，计算机科学与技术专业成为广东省应用型人才培养示范专业。

2018年4月，学校机构调整，信息中心独立设置。

2019年计算机科学与技术专业成为广东省一流本科专业建设点。

2020年6月在中医学一级学科下设置中医药信息学博士点。