医学信息工程学院下设10个部门：
办公室：
党政办公室、学生工作办公室
教研室：医学信息教研室、计算机应用教研室、生物医学工程教研室、计算机基础教研室、物理教研室
中心（基地、研究室）：教学实验中心、中医药信息化创新研究实验基地、医学信息教学研究室
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